Cụ thể, thành lập Viện Khoa học môi trường, biển và hải đảo trực thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường trên cơ sở tổ chức lại Viện Khoa học môi trường trực thuộc Tổng cục Môi trường và Viện Nghiên cứu biển và hải đảo trực thuộc Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam.
Viện Khoa học môi trường, biển và hải đảo có chức năng nghiên cứu cơ bản và ứng dụng, phát triển công nghệ về môi trường, biển và hải đảo phục vụ quản lý nhà nước về môi trường, biển và hải đảo; thực hiện các dịch vụ khoa học và công nghệ về môi trường, biển và hải đảo theo quy định của pháp luật.
Việc thành lập Viện Khoa học môi trường, biển và hải đảo trực thuộc Bộ trên cơ sở tổ chức lại Viện Khoa học môi trường trực thuộc Tổng cục Môi trường và Viện Nghiên cứu biển và hải đảo trực thuộc Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam nhằm kiện toàn cơ cấu tổ chức của Bộ Tài nguyên và Môi trường, đáp ứng chủ trương, chính sách của Đảng, Nhà nước.
Việc thành lập Viện còn nhằm tăng cường kết nối công tác nghiên cứu khoa học, phục vụ công tác quản lý nhà nước của Bộ Tài nguyên và Môi trường trong các lĩnh vực môi trường, biển và hải đảo; Sắp xếp lại các tổ chức KH&CN công lập trực thuộc Bộ đồng bộ, tinh gọn, phát huy hiệu quả cơ sở vật chất, nguồn nhân lực, đáp ứng yêu cầu thực hiện nhiệm vụ chính trị trong giai đoạn hiện nay; Xây dựng một tổ chức KH&CN chủ lực có quy mô lớn, tầm nhìn dài hạn để có thể thực hiện nghiên cứu và chuyển giao khoa học công nghệ về môi trường, biển và hải đảo đáp ứng các tiêu chuẩn của khu vực và quốc tế.