Khánh Hòa có độ dài đường bờ biển khoảng 385 km, là tỉnh có đường bờ biển đẹp của Việt Nam; gồm nhiều cửa lạch, đầm, vịnh, cùng khoảng 200 đảo lớn, nhỏ. Tỉnh Khánh Hòa có 6 đầm và vịnh lớn là: Vịnh Vân Phong, Nha Trang, Cam Ranh, Hòn Khói, đầm Nha Phu, Đại Lãnh.
Vịnh Nha Trang rộng khoảng 249,65 km2 được bầu chọn là 1 trong 29 vịnh biển đẹp nhất thế giới có giá trị lớn trong khai thác du lịch. Với sự phát triển của kinh tế xã hội và biến đổi khí hậu, quần thể đa dạng sinh học tại Vịnh Nha Trang bị ảnh hưởng nặng nề, đặc biệt là rạn san hô.
Năm 2022, kết quả khảo sát cho thấy rạn san hô tại vị trí Hòn Mun và các khu vực khác trong vịnh Nha Trang bị ảnh hưởng, suy giảm, hư hỏng. Nhiều địa điểm, san hô giảm 70 - 80% so với kết quả khảo sát năm 2015. Theo Ban quản lý vịnh Nha Trang san hô bị suy giảm do tác động của bão biển, phát triển sao gai biển, do nhiệt độ nước biển tăng vào năm 2019.
Bên cạnh tác đông của biến đổi khí hậu, công tác quản lý còn nhiều hạn chế. Trên vịnh Nha Trang, nạn khai thác thủy sản trái phép, nạo vét, xây dựng các công trình ven biển không đúng quy định, xả thải từ các hoạt động du lịch… chưa được xử lý dứt điểm.
Ngay sau đó, UBND tỉnh Khánh Hòa đã chỉ đạo làm rõ nguyên nhân hệ sinh thái biển bị suy giảm và đề xuất các giải pháp khắc phục. Ban quản lý vịnh Nha Trang đã cho tạm ngừng hoạt động bơi, lặn biển tại khu vực Hòn Mun để phục hồi rạn san hô tại đây.
Sau đó, UBND tỉnh ban hành Kế hoạch tổng thể phục hồi vịnh Nha Trang đến năm 2030 với 16 giải pháp khác nhau. Qua đó, tỉnh Khánh Hòa đề ra mục tiêu tăng cường quản lý nhà nước đối với vịnh Nha Trang qua sự phối hợp liên ngành, liên vùng, liên cơ quan và các doanh nghiệp và cộng đồng liên quan. Mục đích khác là phục hồi hệ sinh thái rạn san hô đang bị suy giảm tại đây.
Các giải pháp đáng chú ý như nâng cao nhận thức, kiến thức về cách ứng xử thân thiện với môi trường vịnh Nha Trang. Thành phố Nha Trang sẽ tạm dừng các hoạt động có nguy cơ gây hại đến môi trường và rạn san hô tại khu vực biển Hòn Mun và vịnh Nha Trang. Các cơ quan sẽ khảo sát, phân vùng chức năng khu bảo tồn biển Vịnh nha Trang. Tạo nguồn tài chính bền vững cho hoạt động quản lý vịnh Nha Trang.
Trong thời gian qua, nhằm sử dụng và bảo tồn bền vững tài nguyên biển, UBND tỉnh Khánh Hóa đã triển khai nhiều hoạt động. UBND tỉnh đã ban hành nhiều văn bản về quản lý khai thác, sử dụng và phát triển bền vững nguồn tài nguyên, môi trường biển và các văn bản quy phạm pháp luật có liên quan khác, quan tâm, chỉ đạo các ngành và các địa phương tăng cường công tác quản lý tài nguyên môi trường biển hải đảo theo hướng bền vững.
Các địa phương trong tỉnh tăng cường hoạt động tuyên truyền, giáo dục, nâng cao nhận thức về biển, về tài nguyên biển và bảo vệ môi trường biển cũng như hoạt động khai thác sử dụng bền vững tài nguyên biển được chú trọng, quan tâm hơn.
Các hoạt động hưởng ứng Tuần lễ Biển và Hải đảo Việt Nam và Ngày Đại dương Thế giới, Tuần lễ Biển và Hải đảo Việt Nam. Nhiều hoạt động triển khai đồng bộ vừa phát triển bền vững kinh tế biển gắn với bảo tồn đa dạng sinh học và các hệ sinh thái biển. Gắn kết việc thực hiện quy hoạch, kế hoạch sử dụng biển trong quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất, đảm bảo sự hài hoà giữa phát triển kinh tế xã hội và bảo vệ tài nguyên và môi trường biển.
Trong thời gian tới, công tác tổ chức tập huấn các văn bản hướng dẫn trong lĩnh vực Biển, Hải đảo cho các cán bộ làm công tác quản lý các cấp, tổ chức các hội thảo chuyên đề về chủ quyền biển đảo, về quy định về đánh bắt thủy hải sản trên vùng biển cho người dân nhằm nâng cao ý thức chấp hành luật pháp của người dân.