Mặc dù đã đạt được những kết quả nhất định, nhưng quá trình triển khai cấp mã số vùng trồng trên địa bàn tỉnh Yên Bái còn gặp những khó khăn như: Sản xuất trên địa bàn còn nhỏ lẻ, diện tích sản xuất tập trung chưa nhiều, một số hoạt động phải có chi phí để thực hiện (tuyên truyền, tập huấn, hướng dẫn, kiểm tra, giám sát và các chi phí xét nghiệm mẫu đất, nước, sản phẩm…). Ngoài ra một số nguyên nhân khách quan như: Không phải thị trường nông sản nào cũng đưa ra yêu cầu, điều kiện về mã số vùng trồng, chính vì vậy các tổ chức, cá nhân sản xuất trồng trọt trên địa bàn tỉnh chưa thực sự quan tâm, chú trọng đến việc xây dựng mã số vùng trồng.
Thực hiện các yêu cầu của mã số vùng trồng góp phần làm thay đổi nhận thức và hành động của người dân, doanh nghiệp và cán bộ quản lý tại địa phương trong quá trình sản xuất để nâng cao chất lượng sản phẩm. Qua đó mang đến các tác động và hiệu quả tích cực trong việc nâng cao khả năng cạnh tranh của hàng hóa nông sản, thúc đẩy liên kết, hình thành các chuỗi giá trị bền vững. Mã số vùng trồng là xu thế và là điều kiện bắt buộc trong tương lai gần. Do vậy, trong thời gian tới, Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật sẽ tiếp tục đẩy mạnh việc tuyên truyền, tập huấn, hướng dẫn đến các tổ chức, cá nhân trên địa bàn về mã số vùng trồng; tổ chức tiếp nhận đăng ký, kiểm tra, đánh giá, cấp mã số vùng trồng nội địa và đề nghị Cục Bảo vệ thực vật cấp mã số vùng trồng phục vụ xuất khẩu. Đồng thời tổ chức quản lý, giám sát vùng trồng theo đúng quy định.