Theo HĐXX, hành vi phạm tội mà các bị cáo gây ra là đặc biệt nghiêm trọng. Các bị cáo có nhận thức khác nhau về tội phạm nhưng thừa nhận hành vi phạm tội như cáo trạng đã truy tố.
Các bị cáo đã lợi dụng chức trách, nhiệm vụ được giao làm trái các quy định của nhà nước về quản lý và sử dụng vốn đầu tư công trong việc xét duyệt vay và hỗ trợ cho Công ty Huy Hoàng thực hiện 2 dự án không đúng quy định, gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 22 tỷ đồng.
Tuy nhiên, HĐXX cũng xem xét các tình tiết giảm nhẹ cho các bị cáo như các bị cáo là các nhà khoa học có nhiều đóng góp cho xã hội, nhân thân tốt…
Tại phiên tòa, bị cáo Tân đã ăn năn hối cải và đã bồi thường hơn 2 tỷ đồng thiệt hại của vụ án.
Từ các tình tiết nêu trên, HĐXX quyết định tuyên phạt bị cáo Tân 5 năm tù; bị cáo Võ Thùy Linh (nguyên trưởng phòng Kế hoạch) 3 năm tù; bị cáo Khuất Duy Vĩnh Long (nguyên trưởng phòng Quản lý Công nghệ) 10 năm tù. Hiện bị cáo Long đang bỏ trốn.
3 bị cáo còn lại cũng phải lãnh từ 2-3 năm tù nhưng cho hưởng án treo.
Theo truy tố, từ tháng 8-11/2009, lợi dụng chức vụ được giao, ông Tân và đồng phạm đã xét duyệt vay và hỗ trợ cho Công ty CP đầu tư và phát triển công nghệ Huy Hoàng (gọi tắt Công ty Huy Hoàng, chuyên sản xuất chip) thực hiện 2 dự án không đúng quy định, gây thiệt hại hơn 22,6 tỷ đồng cho ngân sách nhà nước.
Đối với ông Nguyễn Trọng Vũ (Giám đốc Công ty Huy Hoàng), đã xuất cảnh qua Mỹ từ ngày 24/5/2011 (ông Vũ có quốc tịch Mỹ) nên ngày 6/2/2017, Cơ quan an ninh điều tra Công an TP.HCM quyết định khởi tố bị can đối với ông Vũ về tội "lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản" và ra quyết định truy nã.
Đến tháng 4/2017, cơ quan điều tra tạm đình chỉ điều tra, khi nào bắt được ông Vũ sẽ xử lý.