Chỉ số phát triển Chính phủ điện tử Việt Nam năm 2016 tăng 10 bậc so với năm 2014 nhưng hơn 15 năm qua, nước ta luôn ở mức trên dưới 100, mức trung bình thấp của Bảng xếp hạng. Tại kỳ họp thứ 5, Quốc hội khóa XIV, Thủ tướng Chính phủ đã trả lời chất vấn của Đại biểu Quốc hội Trần Thị Quốc Khánh, Đoàn Đại biểu Quốc hội thành phố Hà Nội về các khó khăn khi xây dựng chính phủ điện tử. Theo đó:

Về cơ chế, chính sách hỗ trợ xây dựng Chính phủ điện tử, chưa có quy định về kết nối, chia sẻ dữ liệu trong hoạt động của cơ quan nhà nước; thiếu các quy định cụ thể về văn thư, lưu trữ điện tử, giá trị pháp lý của văn bản điện tử và các văn bản quy định việc sử dụng các văn bản điện tử trong giao dịch hành chính, thanh toán. Các chính sách ưu đãi thúc đẩy phát triển, ứng dụng CNTT chậm được triển khai nhất là cơ chế ưu đãi về thuế trong đó có thuế chuyển nhượng vốn của chủ doanh nghiệp khởi nghiệp.

Một số cơ quan, người đứng đầu chưa trực tiếp chỉ đạo, điều hành hoạt động ứng dụng CNTT, xây dựng Chính phủ điện tử hoặc công tác chỉ đạo thiếu quyết liệt, chưa gương mẫu. Bên cạnh đó, cán bộ, công chức một số nơi vẫn có thói quen làm việc dựa trên giấy, ngại dùng công nghệ do sợ mất quyền kiểm soát, mất vai trò và khi công khai, minh bạch sẽ bị giám sát. Bộ phận kỹ thuật có tâm lý cục bộ, không liên thông, chia sẻ thông tin, dữ liệu, muốn tự làm hết từ mua máy tính đến phần mềm...

Các cơ sở dữ liệu quốc gia, hệ thống thông tin cốt lõi tạo nền tảng ứng dụng CNTT, phát triển Chính phủ điện tử chậm được triển khai; các hệ thống thông tin, cơ sở dữ liệu đã được triển khai thiếu sự kết nối, chia sẻ.

Dịch vụ công trực tuyến tuy có tăng về số dịch vụ nhưng dịch vụ công trực tuyến mức độ 3, 4 còn rất thấp (mức độ 3 khoảng 10%; mức độ 4 khoảng 2%). Dịch vụ công trực tuyến nhất là ở các địa phương triển khai riêng lẻ, chưa đồng bộ dẫn đến trùng lắp, khó có khả năng kết nối, chia sẻ. Các dịch vụ mức độ 3, mức độ 4 có hiệu quả chưa cao, chưa có hồ sơ trực tuyến hoặc số lượng hồ sơ trực tuyến còn thấp (năm 2017 tỷ lệ dịch vụ có hồ sơ trực tuyến của các Bộ, ngành mức độ 3 chiếm 39,93%; mức độ 4 chiếm 55,16%; các tỉnh, thành phố mức độ 3 chiếm 11,46%; mức độ 4 chiếm 12,11%).