Nội dung trên được nêu trong quy chế tổ chức và hoạt động của đoàn thanh tra và trách nhiệm của lãnh đạo Thanh tra Chính phủ.
Quy chế này quy định về tổ chức, hoạt động đoàn thanh tra của TTCP; trách nhiệm của lãnh đạo TTCP, thủ trưởng các Vụ, Cục chủ trì cuộc thanh tra; trưởng đoàn thanh tra, thành viên đoàn thanh tra trong tổ chức, hoạt động thanh tra... Quy chế áp dụng đối với cán bộ, công chức, viên chức của TTCP.
Theo quyết định, có 12 hành vi bị nghiêm cấm trong hoạt động thanh tra, trong đó gồm: Đề xuất, quyết định cử người không đủ điều kiện tham gia đoàn thanh tra; tiết lộ thông tin liên quan đến nội dung, kết quả làm việc của đoàn hoặc ý kiến chỉ đạo của cấp có thẩm quyền cho người không có trách nhiệm được biết; thanh tra vượt thẩm quyền, ngoài nội dung; bỏ lọt nội dung trong kế hoạch được phê duyệt.
Đáng chú ý, TTCP nghiêm cấm tham mưu kết luận thanh tra sai sự thật hoặc không đầy đủ để bao che cho đối tượng thanh tra; không kiến nghị xử lý với hành vi vi phạm đến mức phải xử lý; không kiến nghị chuyển sự việc có dấu hiệu vi phạm pháp luật hình sự sang cơ quan điều tra; sử dụng dự thảo kết luận để đe dọa đối tượng thanh tra.
Ngoài ra, TTCP còn nghiêm cấm các hành vi: Biết mà không báo cáo, phản ánh, xử lý hành vi tham nhũng, tiêu cực của trưởng đoàn hoặc thành viên đoàn thanh tra; tự ý tiếp xúc với người bị thanh tra khi chưa được giao nhiệm vụ; làm mất, tiêu hủy hoặc làm sai lệch hồ sơ, chứng cứ thu thập được; sử dụng trái quy định hoặc biển thủ tài liệu, hiện vật liên quan đến cuộc thanh tra; nhận tiền, quà, tài sản hoặc tham gia giao lưu, ăn uống với đối tượng thanh tra.