Đề án nêu rõ nguyên tắc sắp xếp ĐVHC. Cụ thể, việc sắp xếp ĐVHC các cấp ngoài các tiêu chí về diện tích tự nhiên, quy mô dân số theo quy định, cần cân nhắc thấu đáo các tiêu chí về lịch sử, truyền thống, văn hóa, dân tộc; vị trí, điều kiện địa lý; quy mô, trình độ phát triển kinh tế - xã hội; hạ tầng giao thông, công nghệ thông tin; yêu cầu bảo đảm quốc phòng, an ninh quốc gia và hội nhập quốc tế.
Trung tâm hành chính - chính trị phải đặt ở tỉnh có không gian phát triển
Căn cứ vào 6 tiêu chí và định hướng của Bộ Chính trị, Ban Bí thư tại Kết luận số 127, số 130, số 137 của Trung ương, Chính phủ thống nhất trình Bộ Chính trị và Ban Chấp hành Trung ương thông qua phương án sắp xếp, sáp nhập ĐVHC cấp tỉnh với 52 ĐVHC. Trong đó, có 4 thành phố: Hải Phòng, Thành phố Hồ Chí Minh, Đà Nẵng, Cần Thơ và 48 tỉnh: Hà Nam, Hưng Yên, Vĩnh Phúc, Bắc Ninh, Thái Bình, Hải Dương, Nam Định, Ninh Bình, Bắc Kạn, Thái Nguyên, Phú Thọ, Bắc Giang, Hoà Bình, Tuyên Quang, Lào Cai, Yên Bái, Hà Giang, Ninh Thuận, Quảng Trị, Phú Yên, Quảng Bình, Quảng Ngãi, Khánh Hoà, Đắk Nông, Tây Ninh, Bình Dương, Bình Thuận, Bình Phước, Bà Rịa - Vũng Tàu, Bến Tre, Bạc Liêu, Vĩnh Long, Hậu Giang, Trà Vinh, Tiền Giang, Sóc Trăng, Đồng Tháp, An Giang, Long An, Cà Mau, Quảng Nam, Bình Định, Đắk Lắk, Đồng Nai, Gia Lai, Kon Tum, Lâm Đồng và Kiên Giang.

Riêng đối với tỉnh Cao Bằng có diện tích tự nhiên chưa đạt theo quy định (6.700,4 km2 chỉ đạt 83,8% tiêu chuẩn) nhưng không thực hiện sắp xếp do có đường biên giới dài giáp Trung Quốc, địa hình phức tạp, 95% dân số là đồng bào dân tộc thiểu số và các tỉnh giáp ranh không phù hợp để sáp nhập.
Chính phủ cũng xác định căn cứ để xác định trung tâm hành chính - chính trị của tỉnh mới, trong đó nhấn mạnh các yếu tố vị trí địa lý thuận lợi, hạ tầng kinh tế - xã hội đồng bộ, hệ thống giao thông phát triển, dễ dàng kết nối nội tỉnh cũng như đô thị, trung tâm kinh tế lớn cả nước hoặc với không gian biển.
Trung tâm hành chính - chính trị của ĐVHC mới cần có không gian phát triển trong tương lai; phù hợp với định hướng phát triển kinh tế xã hội của ĐVHC mới, bảo đảm hài hòa, hợp lý, tránh mất cân đối giữa các địa phương khi sáp nhập và giữ vững quốc phòng an ninh.
Huyện đảo, thành phố đảo chuyển thành đặc khu
Trong đó, phương án tổ chức lại ĐVHC cấp xã được thực hiện theo nguyên tắc bỏ cấp trung gian (cấp huyện), hình thành ĐVHC cấp xã mới, gồm xã, phường và đặc khu (bỏ loại hình ĐVHC thành phố thuộc tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, thị xã, quận, huyện, thị trấn).
Trường hợp phường sáp nhập với phường thì ĐVHC sau sắp xếp là phường; trường hợp sáp nhập xã, thị trấn thì ĐVHC sau sắp xếp là xã.
Với các huyện đảo, thành phố đảo, thực hiện chuyển thành ĐVHC cấp xã có tên gọi là đặc khu.

Hiện, 11 huyện đảo gồm: Vân Đồn, Cô Tô, Cát Hải, Trường Sa, Hoàng Sa, Phú Quý, Kiên Hải, Bạch Long Vĩ, Cồn Cỏ, Lý Sơn, Côn Đảo.
Riêng đối với thành phố Phú Quốc tỉnh Kiên Giang, cấp có thẩm quyền đã đồng ý chủ trương tách xã Thổ Châu thuộc thành phố Phú Quốc để thành lập 1 huyện riêng, theo đó nghiên cứu thành lập 2 đặc khu: Phú Quốc và Thổ Châu.
Đề án cũng nêu rõ, không bắt buộc sắp xếp đối với các xã có vị trí biệt lập và khó tổ chức giao thông kết nối với các ĐVHC liền kề, hoặc có vị trí đặc biệt quan trọng về quốc phòng, an ninh và chủ quyền quốc gia.
Giảm biên chế sau 5 năm
Đối với cơ cấu tổ chức chính quyền cấp tỉnh, Chính phủ đề xuất cơ bản giữ nguyên như chính quyền địa phương cấp tỉnh như hiện nay, gồm có Hội đồng nhân dân (HĐND) và Ủy ban nhân dân (UBND).
HĐND tỉnh thành lập 3 ban là ban pháp chế, ban kinh tế - ngân sách, ban văn hóa - xã hội (đối với tỉnh có nhiều đồng bào dân tộc thiểu số có thể thành lập thêm ban dân tộc).

HĐND thành phố trực thuộc trung ương thành lập 4 ban (ban pháp chế, ban kinh tế - ngân sách, ban văn hóa - xã hội và ban đô thị) theo quy định của Luật Tổ chức chính quyền địa phương năm 2025.
Chính phủ chỉ đạo trước mắt, giữ nguyên số lượng cán bộ, công chức, viên chức trong các cơ quan, tổ chức, đơn vị; tuy nhiên tổng số không được vượt quá số lượng cán bộ, công chức, viên chức của tỉnh trước sắp xếp.
Trong khi đó, với mô hình chính quyền cấp xã, Chính phủ đề xuất gồm có HĐND và UBND. HĐND cấp xã thành lập 2 ban mới là ban pháp chế và ban kinh tế - xã hội.
Đồng thời, chuyển toàn bộ nhiệm vụ, quyền hạn của cấp huyện hiện nay về cho xã, phường, đặc khu thực hiện.
Chính phủ dự kiến UBND cấp xã tổ chức tối đa 4 phòng chuyên môn và tương đương phù hợp với đặc điểm đô thị, nông thôn, hải đảo (đặc khu).
Đối với ĐVHC cấp xã giữ nguyên trạng (không sắp xếp) thì có thể không tổ chức phòng chuyên môn và được bố trí tăng thêm 1 phó chủ tịch UBND và biên chế tùy theo trường hợp cụ thể.