Lầu Năm Góc ngày 31/7 thông báo, Susan Escallier, quan chức giám sát hoạt động của các tòa án quân sự Mỹ, đã ký các thỏa thuận trước xét xử với Khalid Shaikh Mohammed, Walid Muhammad Salih Mubarak Bin 'Attash và Mustafa Ahmed Adam al Hawsawi, 3 trong số những bị cáo cùng bị buộc tội trong vụ khủng bố 11/9. Theo thỏa thuận, những bị cáo này sẽ nhận tội âm mưu khủng bố để được hưởng án chung thân thay vì án tử hình.
Tuy nhiên, báo The Hill đưa tin, trong một bản ghi nhớ gửi bà Escallier ngày 2/8, Bộ trưởng Quốc phòng Austin viết: "Với quyết định có hiệu lực ngay lập tức theo thẩm quyền cấp cao của mình, tôi xin rút lại 3 thỏa thuận trước khi xét xử mà bà đã ký vào ngày 31/7”. Ông Austin giải thích, xét đến tầm quan trọng của vụ án cũng như trách nhiệm về những gì xảy ra với các tù nhân bị giam giữ tại Vịnh Guantanamo nên ông đã có quyết định trên.
Động thái mới của lãnh đạo Lầu Năm Góc diễn ra sau khi việc bà Escallier chấp thuận thỏa thuận nhận tội với 3 bị cáo đã vấp phải sự phản đối từ nhiều gia đình nạn nhân trong thảm họa khủng bố từng cướp đi sinh mạng của 2.977 người (không bao gồm 19 đối tượng tấn công khủng bố) và khiến hơn 6.000 người khác bị thương.
Một số người chỉ trích tin thỏa thuận sẽ ngăn cản công chúng biết được điều gì thực sự đã xảy ra cách đây gần 23 năm. Đảng Cộng hòa cũng chĩa búa rìu công kích vào Tổng thống Joe Biden và Phó tổng thống Kamala Harris dù Nhà Trắng khẳng định không đóng vai trò gì trong các cuộc đàm phán dẫn đến thỏa thuận nhận tội gây tranh cãi nói trên.
Hôm 2/8, nghị sĩ Cộng hòa Mike Rogers, Chủ tịch Ủy ban Quân vụ Hạ viện đã gửi một lá thư cho Bộ trưởng Austin để yêu cầu giải thích về thỏa thuận nhận tội của các bị cáo vụ 11/9. Nhà lập pháp này bày tỏ "rất sốc" trước thỏa thuận, đồng thời nhấn mạnh đó là “đòn giáng mạnh" đối với gia đình các nạn nhân.