Khu Bảo tồn thiên nhiên Tây Côn Lĩnh thuộc tỉnh Hà Giang nằm trên địa phận các huyện Hoàng Su Phì, Vị Xuyên và 1 phần thành phố Hà Giang. Đỉnh Tây Côn Lĩnh có độ cao 2.428m được ví như “Nóc nhà Đông Bắc”
Khu bảo tồn có tổng khoảng 796 loài thực vật đã được ghi nhận, trong đó có 54 loài thực vật quý hiếm, 49 loài nằm trong Sách đỏ Việt Nam, 4 loài nằm trong Danh lục đỏ của IUCN của thế giới, 14 loài nằm trong Nghị định số 32/2006/NĐ-CP của Chính phủ về quản lý thực vật rừng, động vật rừng nguy cấp, quý, hiếm, 5 loài nằm trong phụ lục II của Công ước quốc tế về buôn bán các loài động vật, thực vật hoang dã bị đe dọa (CITES 2008). Tây Côn Lĩnh còn nổi tiếng là thủ phủ của các loại cây thuốc có giá trị với 390 loài.
Hệ động vật trong khu bảo tồn Tây Côn Lĩnh ghi nhận được 213 loài, trong đó có 36 loài quý hiếm, 14 loài thú nằm trong Danh lục đỏ IUCN, 24 loài trong Sách đỏ Việt Nam, 17 loài nằm trong Nghị định số 32/2006/NĐ-CP và 15 loài ghi trong Danh mục các loài động vật, thực vật hoang dã quy định tại các Phụ lục của CITES.
Theo Chi cục Kiểm lâm tỉnh Hà Giang, khoảng 20 năm trước, tình trạng phá rừng làm nương rẫy, cháy rừng và khai thác lâm sản trái phép là các nguyên nhân chính tác động đến đa dạng sinh học tại Tây Côn Lĩnh. Người dân sinh sống tại đây chủ yếu là dân tộc Dao, Tày, Mông, Cổ Lão… Nhiều khu rừng quan trọng nằm bên trong khu bảo tồn bị phá biến thành đất nông nghiệp, trồng trọt và chăn nuôi. Đặc điểm người dân tộc Dao, Mông sống ở trên độ cao 1.200m, họ thường xuyên vào rừng săn bắn, khai thác lâm sản dẫn tới quần thể các loài động thực vật đã giảm sút.
Tây Côn Lĩnh cũng nằm trong các khu bảo tồn có tình trạng săn bắn chim nghiêm trọng, một số loài Hồng Hoàng, Cao cát, Vẹt, các loài Gà lôi và chim ăn thịt... bị người dân địa phương săn bắn.
Nhằm ngăn chặn nạn săn bắt động vật, chim hoang dã, khai thác trái phép rừng, Ban quản lý Khu bảo tồn thiên nhiên Tây Côn Lĩnh đã chú trọng đến công tác tuyên truyền vận động quần chúng nhân dân sống trong vùng lõi, vùng đệm của khu bảo tồn thực hiện nghiêm các quy định của pháp luật trong Luật Đa dạng sinh học, Luật Lâm nghiệp. Các hình thức tuyên truyền ưu tiên nội dung ngắn gọn, dễ hiểu.
Ban quản lý cũng cử các cán bộ thường xuyên bám địa bàn, tìm hiểu tâm tư nguyên vọng của nhân dân, qua đó đề xuất với các cấp có thẩm quyền có các chính sách phát triển kinh tế xã hội phù hợp, thay đổi tư duy lệ thuộc vào rừng của người dân. Từ đó, trong nhận thức của người dân đã có chuyển biến tích cực, thay đổi nếp nghĩ, cách làm trong bảo vệ rừng.
Bên cạnh đó, tham mưu cho các phòng ban, cơ quan chức năng của huyện, xã kiểm soát và xử lý nghiêm các trường hợp xâm phạm rừng, săn bắt, buôn bán động vật hoang dã trái phép.
Theo kế hoạch của UBND tỉnh Hà Giang, trong giai đoạn từ năm 2021 đến năm 2030, UBND tỉnh thực hiện điều chỉnh mở rộng khu dự trữ thiên nhiên Tây Côn Lĩnh với mục đích bảo vệ nghiêm ngặt các hệ sinh thái rừng kín thường xanh á nhiệt đới, ôn đới núi cao tiêu biểu phía Bắc Việt Nam và hệ sinh thái rừng trên núi đá vôi; bảo vệ các giá trị đa dạng về kiểu rừng, cấu trúc tầng tán của rừng; phát huy vai trò phòng hộ rừng đầu nguồn đối với hai hệ thống sông Lô và sông Chảy. Bảo vệ nguyên vẹn các giá trị đa dạng sinh học của các loài động, thực vật rừng, nguồn dược liệu đặc biệt những loài quý hiếm có tên trong Sách đỏ Việt Nam. Tiến hành các chương trình nghiên cứu khoa học nhằm bảo tồn đa dạng sinh học của hệ động, thực vật; góp phần phát triển kinh tế - xã hội của địa phương, đảm bảo an ninh quốc phòng vùng biên giới.
Cũng theo Hiệp hội du lịch tỉnh Hà Giang, Tây Côn Lĩnh có lợi thế về phát triển du lịch. Công tác bảo tồn đa dạng sinh học làm tốt sẽ mang lại giá trị phát triển du lịch sinh thái rất lớn. Địa phương có thể xây dựng sản phẩm và khai thác du lịch Tây Côn Lĩnh quanh năm như leo núi chinh phục “Nóc nhà Đông Bắc” với trải nghiệm mùa lá phong đỏ (tháng 10-11) và mùa hoa đỗ quyên (tháng 3), trải nghiệm tham quan các gốc trà Shan tuyết cổ thụ trên đỉnh núi.