Hóa đơn điện tử được sử dụng trên cơ sở áp dụng công nghệ thông tin, giúp hiện đại hóa công tác quản lý thuế theo yêu cầu của Chính phủ về Chính phủ điện tử và định hướng chuyển đổi số.
Việc sử dụng hoá đơn điện tử cũng giúp tiết kiệm chi phí phát hành và lưu trữ. Thay vì in hóa đơn giấy nhiều như kiểu truyền thống thì chỉ cần in hóa đơn trong trường hợp khách hàng có yêu cầu hóa đơn giấy, còn lại sẽ phát hành qua phương tiện điện tử. Việc này cũng giúp tiết kiệm chi phí lưu trữ hóa đơn bởi phương thức lưu trữ được thực hiện trên các phương tiện điện tử.
Ngoài ra, sử dụng hoá đơn điện tử cũng giúp cho việc quản lý dễ dàng hơn: thuận tiện hạch toán, kế toán, đối chiếu dữ liệu, không xảy ra mất mát, hư hỏng, thất lạc hóa đơn và đơn giản hóa việc quyết toán thuế.
Hoá đơn điện tử cũng dễ dàng hơn cho người sử dụng khi phát hành nhanh chóng theo lô lớn, lưu trữ đơn giản, thống kê, tìm kiếm hóa đơn thuận tiện cho doanh nghiệp có nhiều giao dịch.